Одним из преимуществ резидентов свободного порта и ТОСЭР перед прочими участниками внешнеэкономической деятельности является право помещать иностранные товары под таможенную процедуру свободной таможенной зоны (СТЗ). Эта процедура позволяет компаниям использовать в пределах своего обустроенного участка продукцию без уплаты налогов и различных пошлин. Между тем из примерно 990 участников свободного порта Владивосток сегодня только четыре (ООО «о. Русский», ООО «Промышленный парк Уссурийский», ООО «Теплое море». ООО СП «Роскор») применяют процедуру СТЗ. При этом более 300 компаний-резидентов заявили о намерениях воспользоваться соответствующими преференциями.
Для упрощения требований к обустройству участков резидентов законодательством предусмотрено внедрение автоматизированной системы контроля и учета товаров резидентов в рамках таможенной процедуры СТЗ. В настоящее время такие IT-продукты только разрабатываются. Планируется, что резиденты смогут использовать собственные системы бухгалтерского учета товаров, но при этом они должны быть интегрированы с информресурсами таможни.