В августе 2018 года комитет госдоходов Армении провел в офисе ЮКЖД обыски с привлечением спецназа по подозрению в неуплате налогов на $19 тыс. В тот же день прошла встреча генерального директора ЮКЖД Сергея Валько с премьер-министром Армении Николом Пашиняном, а на следующий день состоялся телефонный разговор г-на Пашиняна с Владимиром Путиным, в ходе которого были обсуждены «некоторые актуальные темы двусторонней повестки дня». Собеседники «Ъ» связывали это с обысками в ЮКЖД. При этом в интервью «Ъ» по итогам своих сентябрьских переговоров с В. Путиным г-н Пашинян сообщал, что обсуждал в том числе и вопрос ЮКЖД и что, по предварительным сведениям, злоупотребления в компании составляли не $19 тыс., а $60 млн
Следственный комитет Армении 25 декабря 2018 года сообщил, что «предметом расследования является 10-летняя деятельность ЮКЖД, проверяется эффективность и правомерность инвестиций в размере около 110 млрд драмов ($230 млн)».
В ЮКЖД не комментируют информацию о возможном досрочном прекращении концессионного договора «и продолжают заниматься хозяйственной деятельностью», заявили «Ъ» в компании. В свою очередь, в Министерстве территориального управления и инфраструктуры Армении сообщили «Ъ», что «переговоры о выполнении обязательств, предусмотренных концессионным соглашением, пока в процессе».