Контроль за калининградским транзитом через Литву остается предметом особого внимания литовских властей. Летом 2022 года страна на время полностью остановила сухопутный транзит, ссылаясь на выполнение санкционного режима ЕС. Позже движение восстановили – исключительно по железной дороге и с рядом ограничений. На подсанкционные грузы введены квоты, которые быстро исчерпываются.
Ограничения касаются также пассажирских поездов. С начала пандемии в Литве действуют лимиты на количество пассажиров, следующих транзитом в Калининград и обратно. Эти ограничения остаются в силе и сегодня. Кроме того, с марта 2024 года пассажирам запрещено покидать вагоны на технических остановках на литовской территории.