Зея является одним из четырех малых аэропортов Приамурья, которые реконструируют в ходе развития региональной системы авиаперевозок, запланированного федеральной целевой программой «Развитие транспортной системы России (2010–2020 гг.)».
Согласно откорректированной ПСД, запланировано выделение двух этапов строительства и реконструкции объектов аэропортового комплекса. Во время первого этапа пройдет реконструкция искусственной взлетно-посадочной полосы, рулежных дорожек, объектов электроснабжения, очистных сооружений, патрульной автодороги и ограждения аэродрома. Во время второго этапа подрядчик займется перроном с системой гидрантной заправки ВС, складом ГСМ, а также другими зданиями и сооружениями.
Кроме того, для обеспечения необходимой эксплуатации воздушных судов типа Ан-148, Як-40, L-410, DCH-6 и вертолетов МИ-8 проводится обновление покрытия искусственной взлетно-посадочной полосы аэропорта. Ее длина будет увеличена на 290 м, до 1930 м.
Кроме того, реконструируют искусственные покрытия ВПП, рулежных дорожек и перронов.
Застройщиком выступает ФКП «Аэропорты Дальнего Востока».