Также в документ включены мероприятия по охране центральной экологической зоны Байкальской природной территории, в числе которых очистка береговой линии озера Байкал на участках от п. Байкал до п. Таловка (361 км), снижение негативного воздействия на территорию памятников природы регионального значения «Слюдянское озеро» и «Мыс Шаманский» (за пределами территории памятников) путем оборудования площадок для сбора твердых бытовых отходов и установки биотуалетов. Планируется также установить контейнеры для раздельного сбора мусора на десяти станциях и остановочных пунктах Кругобайкальской железной дороги и на станциях БАМа и Транссиба, расположенных на Байкальской природной территории, на которых будут проходить строительно-монтажные работы при реализации проекта реконструкции магистралей.
В рамках мероприятий по охране атмосферного воздуха в центральной экологической зоне озера Байкал запланирован перевод 14 пунктов обогрева путевых рабочих с отопительных печей на электрическую энергию. Для защиты водных ресурсов будут построены и модернизированы действующие очистные сооружения хозяйственно-бытовых сточных вод, стройплощадки будут оборудованы пунктами мойки колес.
По инициативе ОАО «РЖД» в план вошли мероприятия по охране животного и растительного мира центральной экологической зоны озера Байкал. Среди них восстановление 20 га лесных насаждений и привлечение пожарных поездов к тушению лесных пожаров вблизи железнодорожной инфраструктуры. Также предполагается организация и участие в различных просветительских мероприятиях, связанных с экологической проблематикой.