В ходе разбирательства «РЖДстрой» утверждал, что МКЖД задолжала ему за работу по проектированию, строительству и вводу в эксплуатацию транспортно-пересадочных узлов на Малом кольце Московской железной дороги и что реальная стоимость проектировки некоторых ТПУ превысила сметную, благодаря чему заказчик получил неосновательное обогащение. МКЖД просила взыскать с подрядчика неотработанный аванс и проценты по нему.
В процессе «РЖДстрой» подтвердил, что выполнил работы в полном объеме, а МКЖД уклонялась от их приемки. При этом проведенная по требованиям суда экспертиза оценила стоимость проведенных работ на 285 млн руб. ниже, чем госэкспертиза ранее. Суд заметил, что подрядчик должен был сообщить заказчику о проведении дополнительных работ, не учтенных в смете. Поскольку он не сделал этого, то не вправе требовать оплаты по ним.
В итоге АСГМ обязал МКЖД выплатить «РЖДстрою» 3,9 млрд руб. долга по договору, 198 млн руб. неустойки и 377 млн руб. неосновательного обогащения. Во встречном иске суд отказал полностью. 9-й ААС поддержал это решение 10 марта 2020 года, АС Московского округа – 14 июля.