Сергей Тимофеев окончил Красноярский техникум железнодорожного транспорта и Иркутский институт инженеров железнодорожного транспорта. В 1982 году пришел работать на Красноярскую железную дорогу, где прошел все ступени роста - от сменного мастера локомотивного депо Ачинск до первого заместителя начальника Красноярской железной дороги. С 2005 года до октября 2008 г. Сергей Тимофеев трудился на посту начальника Забайкальской железной дороги – филиала ОАО «РЖД».