В ведомстве предлагают организовать поддержку по принципу действующего механизма компенсации РЖД скидок на перевозку зерна. Соответствующая практика действует с апреля 2019 года.
Ранее «Новый Калининград» сообщал, что Минтранс России выступил против предоставления скидок на железнодорожные перевозки на Калининградском направлении, так как это негативно отразится на работе паромной линии.
В июне 2019 года четыре ведущих калининградских бизнес-объединения (Калининградская торгово-промышленная палата, региональное отделение Союза промышленников и предпринимателей, Ассоциация иностранных инвесторов и Балтийский деловой клуб) направили письмо премьер-министру РФ Дмитрию Медведеву с просьбой откорректировать ж/д тарифы для того, чтобы стоимость доставки грузов по железной дороге в направлении Калининградской области была равна стоимости доставки по территории РФ. Сейчас же она значительно выше из-за высокой стоимости транзита по территории Белоруссии и Литвы.
В 2016–2017 гг. федеральный бюджет компенсировал дополнительные расходы на ж/д перевозки калининградских компаний в направлении основной территории РФ, но затем субсидирование прекратилось.